ビルドのやり方、大文字オンリーの回避？

まず、PE-Builder標準添付のものを使った場合、必ず日本語ファイル名が化けます。
特に、ExplorerIEプラグインを使用した場合はみためが非常に汚いです。

790氏のmkisofsは、それを解決するのに役立ち、長い間使われてきました。
今でも、スタンダードなやり方です。
ただし、基本的に必ず大文字化されてしまうので、スタートメニューが見にくい、といった現象が発生してしまいます。

そこら辺にこだわるのなら、CDRECORDフロントエンドを利用しましょう。mkisofsの最新版を含んでいるので、日本語も化けません。

必要なオプション：

ISO Level.4
小文字を許可する
ブータブルCDにする
非エミュレーションモードにする

なるべく入れたいオプション：

RockRidge属性 (Linux系のOSをあわせるとき)
ブータブルイメージを隠す
制限を撤廃する