サイズを小さくするには？

いくつか方法があります。

nLiteで、いらないものを削除しまくる。
人によって、いらないものはさまざまでしょうが、そのままCDを作ってもまともに動かない機能は、削ってしまって問題はないでしょう。
注意するのは、Buildするときに、大量のエラーが出ます。でも、これで正常です。やり方によってはエラーが500とか出ますが、たいてい正常です。

出力先で、ファイルを直接削除する。
PE Builderや、各種pluginは、基本的に無駄なファイルは出力しません。それでも、人によっては不要なファイルもあります。
これは、特にKnoppixと同居のCDを作るときなど、容量の厳しいときに必要です。
i386\IME\IMJP8_1\DICTSの、imjpnm.dic(人名辞書)やimjpzp.dic(郵便番号)は、多分いらないでしょう。
また、HELPに関するファイルも、動作自体には問題ありません。
音声が不要のときは、wav,midも対象です。

UPXで、実行ファイルを圧縮
UPXというソフトで、実行ファイルのサイズを削減することができます。
このソフトはコマンド上で動くので、使いにくいと思ったら、UPX日本語frontendを使いましょう。
特にProgramsフォルダは可能です。さすがにシステムに直結するi386や、system32フォルダ直下は怖くて出来ませんが…
たぶんですがカーネルモードで動作するファイルには無理です。
ただし、アイコンを圧縮すると、起動できなくなるソフトがいくつかあります。
おすすめは、圧縮率9、アイコンは圧縮しない、リソースと移動レコードを圧縮する、です。また、圧縮専用モードにしましょう。

.inf Reducerを使ってinfファイルを縮小する
DEKOさんの作成したソフトです。
ビルド後、ISO作成前に、コマンドプロンプトから、\i386\inf に対して実行して下さい。
ヘルプファイル同封なので、そちらを見るように。